Depuis le 1er septembre 2026, la réforme nationale de la facturation électronique est entrée dans sa phase opérationnelle. Si l’activité de soins des médecins libéraux bénéficie d’un régime particulier, la majorité des cabinets médicaux sont néanmoins concernés par cette évolution, au moins au titre de la réception des factures électroniques de leurs fournisseurs professionnels.
L’objectif de cette réforme est de généraliser les échanges de factures sous format électronique entre professionnels dans un cadre sécurisé et standardisé. Elle vise notamment à simplifier les échanges administratifs, améliorer la traçabilité des opérations et renforcer la fiabilité des données transmises.
Qu’est-ce qu’une facture électronique ?
Une facture électronique n’est pas un simple fichier PDF envoyé par courrier électronique. Elle est émise, transmise et reçue dans un format structuré permettant son traitement automatique par les logiciels de gestion et de comptabilité. Les échanges s’effectuent par l’intermédiaire d’une plateforme de facturation électronique reconnue par l’administration fiscale.
Ce qui ne change pas pour l’activité de soins
La réforme n’a pas d’incidence sur les modalités habituelles de facturation des actes médicaux réalisés dans le cadre de l’activité de soins.
Les consultations, visites, actes cliniques ou techniques réalisés dans une finalité de prévention, de diagnostic ou de traitement demeurent exonérés de TVA et ne sont pas soumis à l’obligation d’émission de factures électroniques. Les circuits SESAM-Vitale, la télétransmission vers l’Assurance Maladie ainsi que les modalités habituelles de facturation des soins restent inchangés.
Ainsi, un médecin exerçant exclusivement une activité de soins exonérée de TVA n’a, en principe, pas à émettre de factures électroniques pour ses actes médicaux.
Ce qui change dans la gestion du cabinet
Même lorsqu’ils exercent exclusivement une activité de soins, les médecins libéraux reçoivent de nombreuses factures dans le cadre de leur activité professionnelle : logiciels métier, maintenance informatique, téléphonie, accès internet, énergie, comptabilité, assurances ou matériel médical.
Depuis le 1er septembre 2026, les entreprises doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques par l’intermédiaire d’une plateforme adaptée. Cette obligation concerne donc également les cabinets médicaux pour la réception des factures émises par leurs fournisseurs.
Il est recommandé de vérifier avec son éditeur de logiciel, son expert-comptable ou son prestataire habituel les solutions retenues pour assurer la réception et le traitement de ces factures dans le respect du nouveau cadre réglementaire.
Dans quels cas un médecin peut-il être concerné par l’émission de factures électroniques ?
L’obligation d’émission de factures électroniques ne concerne pas les actes de soins exonérés de TVA. En revanche, certaines activités exercées en dehors du champ du soin peuvent relever de ce dispositif.
Certaines expertises, prestations de conseil, activités de formation ou autres actes non exonérés de TVA peuvent ainsi entrer dans le périmètre des obligations d’émission prévues par la réforme. Pour les professionnels concernés, les obligations applicables dépendent de la nature de l’activité exercée et du régime fiscal retenu.
Une analyse individualisée est donc nécessaire pour déterminer précisément les obligations applicables à chaque situation.
Une évolution à intégrer dans l’organisation du cabinet
La facturation électronique constitue une nouvelle étape dans la transformation numérique des activités professionnelles. Pour les médecins libéraux exerçant exclusivement une activité de soins, ses conséquences restent limitées sur le plan de la facturation des actes médicaux. En revanche, tous les cabinets doivent désormais intégrer la réception des factures électroniques dans leur organisation administrative quotidienne.
La mise en conformité passe principalement par l’identification d’une solution adaptée, la coordination avec les partenaires habituels du cabinet et la bonne compréhension des obligations applicables.
À noter : les obligations applicables peuvent varier selon la nature de l’activité exercée et le régime de TVA du praticien. Les médecins réalisant des activités mixtes ou des prestations hors champ du soin ont intérêt à se rapprocher de leur expert-comptable ou de leur conseil fiscal afin de vérifier les obligations correspondant à leur situation.
